不同品种或不同品系的孵化率不同；近交种蛋孵化率低，因为鸡的致死基因可导致孵化末期的胚胎死亡；杂交种蛋孵化率高。母鸡初产期的蛋孵化率低；在30周龄~42周龄产的蛋孵化率最高；以后随周龄增长而逐渐下降约在45周龄后，孵化率降低2%~5%。鸡的产蛋量与孵化率呈正相关，即鸡群产蛋量高其孵化率也高；影响产蛋量的因素也同样影响孵化率。日粮中营养不全如缺乏维生素A，孵化初期死胚增多；缺乏维生素D，孵化后期胚胎死亡率高；缺乏B族维生素，蛋白稀薄，孵化中期死胚增加，弱雏增多。矿物质钙、磷、锌、锰等缺乏，孵化率降低。鸡舍温度、通风及垫草的状况不良，造成舍内卫生较差，种蛋受到污染，进而影响孵化率。种鸡感染蛔虫、鸡白痢、鸡支原体等病均影响孵化率。有些疾病如鸡白痢、鸡支原体病等，能够最终靠带菌母鸡经蛋传染。尤应注意。短期保存种蛋对孵化率的影响不大，但保存期延长就会导致孵化率不断下降。保存种蛋的温度太低，相对湿度不足，通风不良，翻蛋不当，都影响孵化率。种蛋受冻、受振以及消毒不严，均可造成胚胎早期死亡增多，胚胎发育受阻，孵化率降低。孵化中翻蛋不当或完全停止翻蛋，卵黄容易黏附于蛋壳膜上，影响胚胎运动，造成胎位不正，导致胚胎死亡。在供电不稳的地区或孵化器发生故障，使孵化中停电时间过长，造成温度降低和机内温度不均匀，使胚胎发育受阻甚至全部损失。

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